Anomaly 2 je pokračováním tower defense strategie Anomaly: Warzone Earth. Poté, co v roce 2018 lidé ve válce proti vzbouřeným strojům definitivně zvítězili, je Země zcela zpustošena a lidstvo jako druh na pokraji vyhynutí. Lidé jsou závislí na dodávkách základních potravin z konvojů, které v zamrzlé tundře a jiných nebezpečných lokalitách hledají potravu a skrovné zásoby. Velitel konvoje Yukon má za úkol dovézt zásoby v pořádku na místo určení.

Oproti svému předchůdci hra nabízí výrazně vylepšenou grafiku a nové prvky v hratelnosti. Hráč velí jednomu z konvojů a určuje složení jednotky, která konvoj doprovází. Jednotky morfují do mechanických válečných zbraní, aby mohly lépe bránit konvoj. Existuje velké množství různých jednotek, přičemž každá z nich má jiné válečné a bojové vlastnosti. O vítězství rozhoduje velkou měrou právě výše zmíněné složení jednotky. Kromě singleplayer kampaně hra nabízí i multiplayer ve stylu tower defense vs. tower offense.